بما أن الكيس الدهني لا يسبب أي مشاكل فقد لا يلجأ الطبيب المختص للمريض
إلى إجراء جراحي.ولكن في حين أن الكيس الدهني ملتهب أو تدخل المريض في تشوهه
أو الإصابة بعدوى بكتيرية أو فيروسية فقد يلجأ الاختصاصي إلى عملية الكيس الدهني
وهي عملية جراحية لإزالة الكيس الدهني الاستئصال الكامل التقليدي يتم فيه إزالة الكيس
الدهني بالكامل تاركا آثار العملية وبعض الندبات الجراحية الإزالة الجزئية للكيس الدهني
والتي قد لا تترك آثارا مثل الاستئصال الكامل التقليدي ولكنها قد تترك إمكانية عودة الكيس
الدهني. الاستئصال بالليزر والذي يؤدي بدوره إلى إحداث ثقب في الكيس الدهني لاستخراج
محتوياته منه.أولا يتم تطبيق التخدير الموضعي على المنطقة التي يظهر فيها الكيس الدهني
وضع مطهر للوقاية من العدوى البكتيرية للمنطقة. اعتمادًا على نوع العملية سيتم استخدام
أدوات مثل الشفرة وغيرها. بعد انتهاء العملية يعطى المريض مرهما يحتوي على مضاد حيوي
للوقاية من العدوى بعد العملية